那么,如何在该数据库查找已知lncRNA信息?
A. 如果已有在该数据库注释的gene id或转录本id,例如,lnc-OR4F29-1,可以直接输入点击search。在source一栏有各数据库选项,可以直接选择all。
B. 如果已知该转录本序列信息,可以直接输入该序列,点击search。
(1) 搜索输入界面如下:可以直接输入 ID ,也可以输入序列。
(2) lnc-OR4F29-1,输入之后,搜索结果包括27个lncRNA转录本,我们可以看到表格给出了每个转录本的位置,正负链和长度信息。可以点击进去查看每个转录本的详细信息。也可以直接点击lncRNA gene ID查看。
(3)点击某一个转录本,如lnc-OR4F29-1:1。显示该转录本的详细信息,包括分类、来源、序列信息、物种间位点的保守性、编码潜能、有无靶向miRNA等。
总结
lncipedia 是专门研究人已知lncRNA注释信息的数据库,看到这,您可以对手里的数据进行检索,或者也可以直接下方留言直接联系我们哦~
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