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如何查找已知lncRNA信息?--有图有步骤

发布时间:2017年09月13日 15:35 来源:geceo.com 编辑:创新中国   阅读量:8021   
导读:那么,如何在该数据库查找已知lncRNA信息?A.如果已有在该数据库注释的geneid或转录本id,例如,lnc-OR4F29-1,可以直接输入点击search。在source一栏有各数据库选项,可以直接选择all。B.如果已知该转录本序列...
如何查找已知lncRNA信息?--有图有步骤

那么,如何在该数据库查找已知lncRNA信息?

A. 如果已有在该数据库注释的gene id或转录本id,例如,lnc-OR4F29-1,可以直接输入点击search。在source一栏有各数据库选项,可以直接选择all。

B. 如果已知该转录本序列信息,可以直接输入该序列,点击search。

(1) 搜索输入界面如下:可以直接输入 ID ,也可以输入序列。

如何查找已知lncRNA信息?--有图有步骤

(2) lnc-OR4F29-1,输入之后,搜索结果包括27个lncRNA转录本,我们可以看到表格给出了每个转录本的位置,正负链和长度信息。可以点击进去查看每个转录本的详细信息。也可以直接点击lncRNA gene ID查看。

(3)点击某一个转录本,如lnc-OR4F29-1:1。显示该转录本的详细信息,包括分类、来源、序列信息、物种间位点的保守性、编码潜能、有无靶向miRNA等。

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总结

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